Отец Леонарда нашёлся спустя много лет, когда сам Леонард уже был практикующим врачом. Однако его отец страдал заболеванием, лекарств для которого не существовало. Леонард взял на себя заботу об отце. Когда его страдания от болезни стали невыносимыми, он попросил сына отключить его от аппаратов поддержания жизни и позволить спокойно умереть. После долгих душевных колебаний, Леонард сделал то, о чём просил его отец. Этот случай очень сильно повлиял на молодого МакКоя, поскольку шесть месяцев спустя на Альтаире 6 был разработан препарат, способный вылечить болезнь его отца. (Звёздный путь 5: Последняя граница (фильм))

В 2251 Маккой провел обширную вакцинацию жителей планеты Dramia II, спас колониста Кол-Тай от Саурианского вируса. После отлета медиков почти все жители погибли от эпидемии чумы, в чем Маккой винил себя. Через 19 лет предстал перед судом за массовые убийства, был оправдан, когда нашел лекарство.

В 2253 изобрел уникальный способ оперирования коры головного мозга гуманоидов.

В 2266 году МакКой назначен USS Enterprise NCC-1701, он заменяет уволившегося доктора Марка Пайпера (Dr. Mark Piper). Очень часто мнение доктора не совпадает с мнением капитана Джеймса Кирка, но вскоре, из просто рабочих, их отношения становятся дружескими. С Мистером Споком отношения строятся на спорах "логика против эмоций", но в конце концов переходят в дружбу. Через два года Леонард Маккой смертельно заболевает и подает заявление об уходе из Звездного Флота, но вовремя найденное лекарство возвращает доктора на корабль.

По окончании пятилетней миссии доктор Маккой увольняется и возвращается на Землю, где открывает частную практику. Он клянется никогда не возвращаться в Звездный Флот, однако через 18 месяцев Адмирал Ногура используя статью закона о ре-мобилизации возвращает Маккоя (успевшего отрастить бороду) в строй. Адмирал Кирк просит доктора МакКоя помочь ему проблемой Виджера (V'ger). После разрешения кризиса МакКой остается на борту корабля.

В 2285 Маккой и капитан Спок обучают молодую команду, которая будет назначена на Enterprise NCC-1701-A, когда Хан Нуньен Синг нападает на Регула 1 (Regula 1). Спок, перед тем как войти в машинное отделение заполненное радиацией, оставляет свою Катру в сознании Маккоя. Маккой начинает сходить с ума (как ему кажется) и капитан Кирк, рискуя карьерой, крадет корабль и возвращается к планете Генезис, чтобы найти тело Спока.

Через несколько лет, при сопровождении миротворческой миссии Клингонской империи, когда корабль Канцлера Горкон был атакован, Маккой и Джеймс Т. Кирк пытаются спасти жизнь Канцлера Горкона. Однако это не удается, их арестовывают и приговаривают к пожизненному заключению в тюрьме Рура Пенте (Rura Penthe Mines). Кирка и Маккоя спасает Спок и Enterprise NCC-1701-A.

Доктор Маккой продолжает карьеру и в 24 столетии, влияя на жизни Следующего поколения Звездного Флота.

Когда Леонард Маккой учился в университете в Миссиссипи на Земле с 2245-го по 2253-й год он встретил триллку Эмони Дакс (Emony Dax), прилетевшую на Землю на соревнования по гимнастике. У них был короткий роман. (The Star Trek Encyclopedia )

Первые серьёзные отношения завязались у Леонарда с Ненси (Картер). Однако девушка влюбилась в профессора археологии Картера, за которого и вышла замуж. Она сопровождала профессора Картера в его археологических поездках на раскопки по всей Галактике. Леонард Маккой ещё раз встретил её, когда некая жизнеформа приняла облик Ненси, чтобы получить доступ к солям человеческого тела.

Леонард МакКой был женат (Мириам) и у него родилась дочь, Джоанна (2249). Но его союз с женой распался и Леонард поступил на службу в Звездный Флот.

В 2268 году на огромном полом астероиде расы Йонада он встречает женщину по имени Натира, она влюбляется в Маккоя и просит, чтобы он остался. Будучи смертельно больным он решает провести остаток жизни с ней, однако, найденное Споком в архивах Йонада лекарство, дает Маккою возможность вернуться в Звездный Флот.

Леонард Маккой прекрасный врач, а так же ученый. Эти факторы сделали из него заметную фигуру в мире медицины 23 века. Присоединившись к Звездному Флоту, он в течение нескольких лет находит и исследует множество новых медицинских методов, которые потом будут описаны в медицинских учебниках. Доктор Маккой так же является автором публикаций в "Журнале земного Британского медицинского общества" (Earth-British Medical Society Journal) и "Вселенский скальпель" (Universal Lancet). Важным помощником в работе и другом является медсестра Кристина Чапел.

Разумеется, медицинские методы 23-его столетия более совершенны в техническом плане, но доктора все еще нуждаются в высоком уровне подготовки. Создание спасительных лекарств все еще требует участия компетентного человека. При высадке на поверхность планеты Маккой берет с собой стандартный набор медицинских средств: медицинский трикодер и набор шприцев. Медицинский трикодер анализирует показания медицинского ручного сканера, а также содержит множество медицинских рекомендаций.